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大数据捉“毒”显威力!

2020/02/10中国科学(xué)报478

真实世界(jiè)永远(yuǎn)比我们(men)想象的更(gèng)出人意料(liào)。

研究显示,零号(hào)新型(xíng)冠状病毒肺炎患(huàn)者其实与(yǔ)华(huá)南市场并无直接关联。他通过何(hé)种渠道感染病毒目前无从(cóng)得知。零号患者体内的病毒是(shì)否(fǒu)直接来源于野生动物或者野生动物的排泄物,还是另一个隐身于茫茫人海的病毒(dú)感染者(zhě)?

目(mù)前,不得(dé)而(ér)知。

确定病原体的重要性

既(jì)然已经知道(dào)了病毒,为何科学家(jiā)还执着地寻找(zhǎo)源头?面对《中国科学(xué)报》的采访(fǎng),香(xiāng)港大学公共(gòng)卫(wèi)生学院教(jiāo)授朱(zhū)华晨表示,确定来源才(cái)可以从源头和根(gēn)本上切断传(chuán)播链,避(bì)免病原体(tǐ)的(de)再次(cì)引入和再次暴(bào)发。

而确定病原(yuán)体的(de)来源需要做(zuò)一系列的(de)系统工作。首先是根据流(liú)行病学关联,找(zhǎo)到患者(zhě)可能接触、暴露的(de)现场,采(cǎi)集(jí)各类与(yǔ)病原(yuán)体可(kě)能有关的标本,看是否能(néng)检测到类似病原体。

找到阳性病原体(tǐ)后,需要继续向上(shàng)追溯其来源,包括产地(dì)、运(yùn)输过程、可能接触与暴露的地方。然(rán)后把(bǎ)所有病原体全部测序,根据序列的纵向进化(huà)和横向亲(qīn)缘关系推断病原体在不同宿(xiǔ)主(zhǔ)中传播的来龙去脉。

虽然(rán)新冠病毒早已经被证实了人传人,但是否可(kě)能存在人传动物,朱华晨认为,也有可能,但无证据。“目前传染源都还(hái)没搞清,这些就更不可能清楚了。”如果(guǒ)真(zhēn)的可以人传(chuán)动(dòng)物(wù),单纯隔离人类的措施对疫情(qíng)是否完全(quán)可控,朱华晨(chén)表示,仍有(yǒu)待商榷。

基于基因组(zǔ)大数据的防控策略

虽然寻找(zhǎo)新冠病毒(dú)病原体的工作仍在继续,但借助二代测序技术对该病毒本(běn)身(shēn)进行(háng)研究难度并不(bú)大。

通俗地说,对于一个疑似患者的样本,例如肺(fèi)部灌洗液(yè),目前的技术可(kě)以把各种可能的致病微生物的基因组DNA序(xù)列(liè)都(dōu)读出来,编成目录。临床医生(shēng)和技(jì)术人员可(kě)以直接阅读这些“最(zuì)底(dǐ)层(céng)”的信(xìn)息(xī),对比未发传染病患者的样本信息(xī),快速发现(xiàn)可感染人类的新(xīn)病毒。

据(jù)了解(jiě),单个冠状病毒基因组大(dà)概在26kb~32 kb。这种(zhǒng)长度对于(yú)目前(qián)测序技术而言(yán),没有特别困难之处,检测成本也在可控范围之内。

然(rán)而,关键在于标本的(de)安全(quán)性以(yǐ)及对(duì)样本间交叉污染的控制(zhì)。而要排除污染,需要(yào)建立符合质(zhì)量控制和生产规模的高通量检(jiǎn)测实验室,这需要花费相当的(de)时间。

此外,采(cǎi)访中,专家(jiā)还表示,随着疑似患者样(yàng)本源源不断送来,检测机构要能在有(yǒu)效时间(jiān)内抽(chōu)提RNA并完成测序,然后与已知新冠病毒基因组(zǔ)数据进行比(bǐ)对,以(yǐ)确定患者体内是(shì)否感染新冠病毒。

不过,通过测序进行诊断,成本和(hé)技术要求(qiú)都较高(gāo)。目前,主(zhǔ)要通过聚(jù)合(hé)酶链式反应(PCR)检测诊断(duàn)新冠肺炎。

科学家可以从病毒基因组大样本数据中(zhōng)寻找出(chū)传染能力最(zuì)强的毒株,进而快速理解传染(rǎn)力的形成,并对之产生相应的(de)最有效防(fáng)控策略。

而目前困局是,这样大样本(běn)病毒基因(yīn)组数据库是否存(cún)在。

以数据追踪“可疑人群”

当前,全国(guó)多数城(chéng)市都(dōu)采(cǎi)取严格手段遏(è)制新型肺炎(yán)蔓延,这就可以(yǐ)通过用户数据进行采集加以控制(zhì)。

对此,上海大数(shù)据联盟常务副秘书长马慧(huì)民告诉《中国(guó)科学报》,“非常(cháng)时(shí)期用非常手段,只要确保采集到的个人(rén)位置数据仅用于疫情(qíng)防控就(jiù)可以。目前除了三大运营商以(yǐ)外(wài),微信、支付宝等都有用户的基于位置(zhì)服务的数据(LBS数(shù)据),通过整合感染人群的各种LBS数(shù)据,就可以还原病(bìng)毒的传播(bō)轨(guǐ)迹。但是这(zhè)些LBS数据的(de)采集获取和(hé)分析处理需要额外经费投入,随感(gǎn)染人群规(guī)模扩(kuò)大而(ér)增加,由此产(chǎn)生(shēng)的(de)费(fèi)用(yòng)由政府财政(zhèng)支出。”

“移动(dòng)互联(lián)网时(shí)代,大数据对于精准疫情防(fáng)控将会起(qǐ)到(dào)重要作用。每个人(rén)在哪个位(wèi)置、去了哪里、跟什么人(rén)有接触,都可以通过手机位置记(jì)录下(xià)来。”马(mǎ)慧民提议,此时,关键在于(yú)有(yǒu)效锁定(dìng)疫区人群,及时(shí)掌(zhǎng)握疫区人群的流动以及人(rén)群到其他城市之后具体的分布。

那么(me)数据(jù)从哪里(lǐ)来?马慧民认为,一(yī)是采取由面(miàn)及点的做法,即把去年12月以来华南海(hǎi)鲜市场里的手机信息(xī)数据和各类交易信息都调(diào)出来,结合大(dà)数(shù)据平台(tái)追踪这些人群的流向(xiàng),就可(kě)以还原重点人群分布和流动图,形(xíng)成对于疫情发展(zhǎn)的总体判断。二是采取由点(diǎn)及面的做法(fǎ),即采用小(xiǎo)程序,把(bǎ)已确(què)诊病(bìng)例、疑(yí)似(sì)人群都管控起(qǐ)来,要(yào)求这类人(rén)群在小程序上(shàng)及时登记填写信(xìn)息(xī),通过大数据平台将这些人群(qún)自登(dēng)记之日(rì)前14天的活动轨迹还原出来,寻找到(dào)其中的密(mì)集场(chǎng)所(suǒ),并形(xíng)成(chéng)高危场所数据库统一对(duì)公众发(fā)布,以便于(yú)公众自我检查。

之后,再结合医疗机构(gòu)获得的(de)病毒基(jī)因(yīn)组数据,就(jiù)可以重点追查到强传(chuán)染(rǎn)性的潜在患者。

数据(jù)建立新信任机(jī)制(zhì)战疫(yì)情(qíng)

此外,马慧民认为,还可以尝试用区(qū)块链记录每(měi)个病(bìng)例(lì)。这等于(yú)给患者和每个疑似病(bìng)例(lì)建一条链,那么在(zài)患者这几周出现(xiàn)的位置上的所有信息(xī)、与(yǔ)他(接触(chù))的人群都(dōu)可以出(chū)现在这条链上。区块链不可篡改,而且可(kě)以溯源。

其(qí)实,区块链不仅仅(jǐn)可以应(yīng)用在(zài)防疫(yì)方面,还能在更大范围内起作用。

“比如,关于各(gè)类医用物(wù)质的使用去向、疫情(qíng)早(zǎo)期到底被谁(shuí)耽(dān)误了等。”马慧民(mín)表示,一种新的数据技术,可以让(ràng)我(wǒ)们每个(gè)人从中获(huò)得新的信任感(gǎn)。

这(zhè)样一来,新的信任机制建立不是靠人或机构的(de)承(chéng)诺,而是新的数据平台。

“真(zhēn)实世界永远(yuǎn)比我们想象的更出人意(yì)料,因此人类面对自然必(bì)须要有谦卑(bēi)的心态(tài)。”马慧民说,从预防、溯源、治疗、随访、追(zhuī)踪(zōng)、管(guǎn)理、物流(liú)、信息发布和(hé)问题解答等方面(miàn)构建大数据平台,将湍流不息的数据和嗡嗡(wēng)作响的机(jī)器转化为对每个人的关怀(huái),尽早打赢这场疫(yì)情(qíng)阻击战。

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